越来越多的证据表明益生菌可以用于各种疾病，尤其是胃肠道疾病，如抗生素相关腹泻（AAD）。但在已发表的临床试验中，安全性结果报道却不一致，对于特殊人群，如儿童、老年患者，对重症、存在免疫抑制者的风险究竟如何，目前尚不明确。因此，对益生菌临床使用的安全性及其治疗抗生素相关腹泻是否存在潜在风险的研究是必要的。

评估截至2022年3月益生菌在人类和动物模型中的安全性的所有现有信息。在所有合格的已发表研究中，对益生菌的副作用和耐受性的文章进行检索，没有应用语言限制。主要的关键词是“益生菌”、“抗生素相关性腹泻”“安全性”、“副作用”、“临床试验”和“副作用”。

益生菌可能导致三种类型的副作用：系统性感染、有害的代谢活动、肠道副作用和基因转移。系统性感染：服用益生菌的患者中最常报告的单一事件是真菌血症，包括血液培养物中存在酿酒酵母或布拉氏酵母菌，乳酸杆菌相关的菌血症，乳杆菌和链球菌引起的心内膜炎和鼠李糖乳杆菌引起的脓肿报道。有害的代谢活动：PROPATRIA研究表明多种益生菌都会导致肠缺血而发生较高的死亡率，即益生菌可能会增加肠粘膜的需氧量，在小肠中引发炎症反应。胃肠道副作用：在接受益生菌的受试者中有轻微的胃肠道症状，如腹部绞痛、恶心、软便、胀气和味觉干扰。基因转移：由于益生菌与抗生素会同时使用，而乳酸菌拥有质粒，其中含有对四环素、红霉素、氯霉素或林可酰胺、大环内酯和链霉素产生抗性的基因。理论上耐药基因有可能在肠道微生物或其他部位的益生菌之间进行横向基因转移，但还没有发现微生物耐药性转移的临床证据。

对于 一些高危患者使用益生菌用于AAD可能有更高的不良事件风险，包括：系统性感染、基因转移和胃肠道副作用。高危人群包括免疫功能受损的复杂患者、术后患者、危重患者和长期住院患者、老年人、危重婴儿、早产儿、短肠综合征患者、中心静脉导管患者、心脏瓣膜疾病、心内膜炎患者和癌症后出现AAD者等。