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多组学分析肝细胞肝癌中NASH相关的肿瘤预后标志物
曾珊 , 刘泳廷
中南大学湘雅医院
摘要:
背景:非酒精性脂肪性肝炎(NASH)驱动的肝细胞癌(HCC)正成为与健康有关的主要问题。NASH相关预后生物标志物的探索治疗目标是必要的。
方法:从GEO数据库中下载数据。“glmnet”包用于鉴别差异表达基因(DEGs)。采用单变量Cox和LASSO回归分析构建模型。验证体外免疫组化(IHC)检测表达和预后。药物敏感性和免疫用ctrr - db和ImmuCellAI分析细胞浸润情况。
结果:我们构建了一个预后模型,该模型鉴定出了nash相关基因集(DLAT、IDH3B和MAP3K4)，并进行了验证在现实世界的队列中。接下来，确定了7种预后转录因子(tf)。预后ceRNA网络包括3个mRNA, 4个miRNA和7个lncRNA。最后,我们发现该基因组与药物反应相关，并在6个临床实验中验证。此外，该基因集的表达水平与肝细胞癌种CD8 T细胞浸润呈负相关。
结论:我们建立了NASH相关预后模型。上游转录组分析和ceRNA网络为机制探索提供了线索。突变谱、药物敏感性和免疫浸润分析进一步指导了准确诊断及治疗策略。
