【目的】分析食管鳞癌原位模型小鼠与正常小鼠肠道菌群的多样性，筛选出食管鳞癌特异性改变的菌属。【方法】应用4NQO原位诱导C57小鼠成食管鳞癌模型后，分别收集模型组及正常对照组小鼠粪便标本各10例，提取DNA，应用PCR技术扩增16S rDNA V4区，进行高通量测序，获得的测序数据进行OUT聚类后，进行物种注释及多样性分析。【结果】Alpha多样性和Beta多样性分析表明模型组和对照组肠道菌群多样性及丰度存在明显差异(P<0.05)。两组间差异物种分析表明，在属水平上模型组中普雷沃氏菌科_UCG-003 (Prevotellaceae_UCG-003)、拟杆菌属(Bacteroides)、毛螺菌科NK4A136组(Lachnospiraceae_NK4A136_group)、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、普雷沃氏菌科_UCG-001（Prevotellaceae_UCG-001）、普雷沃氏菌属(Prevotella)、大肠杆菌（Colidextribacter）、毛螺菌科_UCG-006(Lachnospiraceae_UCG-006)等的丰度明显高于对照组;罗姆布茨菌(Romboutsia)及土杆菌属（Turicibacter）等，丰度低于正常对照组（P均<0.05）。LEfSe分析显示在属水平上，普雷沃氏菌科_UCG-003（Prevotellaceae_UCG-003）、埃希氏菌-志贺氏菌属(Escherichia–Shigella)、拟杆菌属（Bacteroides）、毛螺菌科_NK4A136组(Lachnospiraceae_NK4A136_group)及罗姆布茨菌(Romboutsia)具有明确分类意义。【结论】食管鳞癌原位模型组小鼠与正常对照组小鼠相比，肠道菌群物种多样性降低，存在特异性差异菌属，可为食管癌的特征提供参考。