目的：总结分析胃肠道间质瘤（GIST）中经Sanger测序发现的KIT基因热点及罕见变异类型。

材料和方法：2021年10月-2023年4月通过Sanger一代测序检测分析63例GIST患者c-KIT基因9，11，13，14，17和18号全外显子突变情况。对于复杂变异，经正向及反向双向测序。结果由操作技术员与专业分子病理诊断医生双人复核确认。结果：63例患者中51例存在KIT基因突变，突变比例为81%。其中11号外显子突变33例，所占比例最高，为64.7%；其次是9号外显子突变，共12例，所占比例为23.5%；其余外显子突变均少见，分别是13号外显子2例，17号外显子2例，18号外显子2例。11号外显子突变病例中，5例为点突变，主要发生在V560和L576氨基酸位置上的碱基序列中，都为错义突变；插入/缺失突变28例，主要集中在KPMYEVQWKVV550-560和P585_R586氨基酸中，其中2例为小片段插入，18例为小片段缺失，8例为复合型插入缺失；这些变异中发现2例罕见变异，其中1例为长片段复杂插入缺失，经独立重复实验排除实验问题后，再行反向测序，三人双向判读最终确定，这种长片段缺失造成的多个氨基酸（V555_P573）的改变，其对功能的影响尚有待进一步研究；1例为跨越内含子10-外显子11边界的缺失变异，突变方式为intron10的3＇端缺少6个碱基，导致extron 11的剪接受体位点丧失（KPMYEVQWK550-558缺失），基于K558密码子的最后两个碱基，创造出一个新的潜在剪接受体AG。9号外显子突变病例中，2例为点突变，为错义突变；10例为A502_Y503碱基重复突变。13、17、18号外显子突变共6例，为少见突变位点，都为点突变类型。

结论：GIST患者中KIT基因突变主要发生在11号和9号外显子，其它外显子较少发生，大多数为热点突变，突变类型以碱基缺失和重复为主。罕见变异reads图复杂，可能需要双向测序、多人双向判读才能明确。Intron10-extron 11边界的缺失突变，可能会影响KIT基因的JM区域，从事GIST突变筛查的实验室应该注意到这些缺失突变的存在，若仅在cDNA层面进行检测或检测引物或探针不能覆盖此区域，可能会低估KIT 内含子10序列的丢失，从而不能准确的反映出extron 11突变的GIST患者在伊马替尼治疗方面具有的预后意义。