马雪 , 田小飞
陕西省肿瘤医院
背景:宫颈癌为全世界女性最常见的恶性肿瘤之一,严重威胁女性的身心健康。早发现、早诊断、早治疗,是当期宫颈癌的诊治专家共识。寻找宫颈癌的差异表达基因,显得尤为重要。
目的:本研究通过公共基因芯片数据库(Gene Expression Omnibus , GEO)数据库,寻找宫颈癌与正常宫颈组织的DEGs,并对其进行功能注释、信号通路分析和蛋白质相互网络分析,了解DEGs在宫颈癌发生发展中的作用,确定关键基因。进一步分析关键基因与宫颈鳞癌的临床病理特征的关联性,为宫颈癌早期诊断和治疗提供有效的靶点,为临床提供新的思路和方向。
方法:
第一部分:基于GEO数据库,选取下载GSE63514、GSE6791两个数据集,通过GEO2R在线平台筛选两个数据集中宫颈癌的差异表达基因,通过Venn在线网站绘制Venn图,筛选出两个数据集共表达DEGs。使用DAVID网站对共表达DEGs进行基因本体论(Gene Ontology, GO)分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)分析,运用交互基因检索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes, STRING)网站对共表达DEGs构建蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein Interaction, PPI)网络图,并用Cytoscape软件将其进行可视化筛选出前十枢纽基因,用基因表达谱数据动态分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)网站对宫颈癌和正常宫颈组织中枢纽基因的表达进行分析比较,最后运用人类蛋白质图谱(Human Papilloma Virus, HPA)数据库验证筛选关键基因。
第二部分:将陕西省肿瘤医院2019年1月1日至2019年12月31日之间就诊的宫颈鳞癌患者作为研究对象,收集其年龄、初潮年龄、是否绝经、FIGO分期、肿瘤大小、肿瘤生长类型、分化程度、脉管癌栓、肿瘤肌层浸润深度、血红蛋白、白蛋白等临床病理因素。使用免疫组化对患者宫颈鳞癌病理组织及癌旁组织中关键基因TOP2A表达进行检测,验证TOP2A在宫颈鳞癌组织中的表达水平是否高于癌旁组织。
结果:
第一部分:宫颈癌的DEGs共有194个,其中上调基因152个,下调基因42个。GO分析结果:DEGs富集的前六个生物过程(Biological Process,BP)为:细胞分裂、DNA复制、染色体分离、染色体分离正调控、有丝分裂姐妹染色单体分离、细胞周期。DEGs富集的前六个细胞成分(Cellular Component,CC)为:中心体、核质、纺锤体、细胞核、中心颗粒体、浓缩核染色体等;DEGs富集的前六个分子功能(Molecular Function,MF)为:微管结合、单链DNA依赖ATP依赖DNA解螺旋酶活性、蛋白结合、ATP酶活性、单链DNA结合、ATP结合。KEGG分析结果:DEGs富集的前六个生物途径为:细胞周期、DNA复制、细胞衰老、p53信号通路、腺癌、人T细胞白血病病毒1感染。构建PPI网络后,筛选出前十位枢纽基因:CDK1、CHEK1、TOP2A、KIF11、BUB1B、AURKA、DLGAP5、CENPF、ISG15、CXCL8。
综合既往文献及前十位枢纽基因在HPA数据库中的筛选结果发现,研究TOP2A较其他九位枢纽基因的意义较大,因此本研究第二部分在临床验证TOP2A与宫颈鳞癌临床病理特征的关系。
第二部分:共68例患者纳入研究,结果显示:TOP2A表达与年龄、肿瘤肌层浸润深度和FIGO分期有显著相关性(P<0.05),而与初潮年龄、是否绝经、肿瘤大小、肿瘤生长类型、分化程度、脉管癌栓、血红蛋白、白蛋白无明显的相关性(P>0.005.)
68例宫颈癌患者进行肿瘤组织免疫组化检测,22例进行癌旁组织检测。结果表明,68例宫颈癌患者中TOP2A阳性表达为38例(55.9%),阴性表达为30例(44.1%)。对22例患者癌旁组织检测,其中阳性表达4例(18.2%),阴性表达18例(81.8%),宫颈鳞癌TOP2A表达水平高于癌旁组织(P<0.05)。
结论:
1.宫颈癌和正常宫颈组织之间存在194个DEGs,前十位枢纽基因为CDK1、CHEK1、TOP2A、KIF11、BUB1B、AURKA、DLGAP5、CENPF、ISG15、CXCL8;TOP2A富集于细胞分裂、DNA复制、染色体分离、细胞周期、细胞衰老等过程,可能为宫颈癌的关键基因。
2.TOP2A在宫颈鳞癌病灶组织中的表达水平明显高于癌旁组织,且与年龄、肿瘤肌层浸润深度和FIGO分期显著相关。