中国科学院微生物研究所二级研究员，博士生导师；
中国科学院大学医学院岗位教授，微生物基因组研究中心主任，
病原微生物耐药与耐药基因组学北京市重点实验室主任，
国家微生物组战略规划编写组组长，
国家人类基因组北方研究中心兼职教授。
《科学通报》编委，中国生物工程学会常务理事，北京生物工程学会常务理事，中国生物工程学会微生物组与技术专业委员会主委，中国抗癌协会肿瘤与微生态专业委员会原主委，中国营养学会益生菌与益生元分会副主委，中国医疗保健国际交流促进会临床微生物分会副主委，中国医药教育协会微生态与健康教育专业委员会副主委，中华预防医学会微生态分会副主委，中国微生物学会分析微生物学会常委。
在病原微生物基因组学、人体肠道微生物组学以及人类免疫基因组学方面取得了很突出的研究成果。其中包括在国际上首先发现人体肠道微生物耐药基因谱与农用抗生素的相关性（Nature Comm），率先报道了中国第一例超级细菌基因组（《AAC》），以及mcr-1耐药基因的大规模基因组数据分析（Lancet infectious disease）。